ক্লাব ফুটবল কেরিয়ারে একজন গোলকিপার হিসেবে পথ চলা শুরু মোলিনার।ইয়ুথ কেরিয়ার বেনিমারে শুরু হলেও সিনিয়র লেভেলে মোলিনা স্প্যানিশ ক্লাব ভ্যালেন্সিয়ার দ্বিতীয় সারির টিমে কেরিয়ার শুরু করেন,১৯৮৯ থেকে ১৯৯৩ পর্যন্ত।১৯৯৬ থেকে ২০০০ সালে স্পেনের হয়ে মোট ৯ টি আন্তজার্তিক ম্যাচ খেলেছেন প্রাক্তন ATK হেডকোচ মোলিনা।

২০০৯-১০ ফুটবল মরসুমে মোলিনা টেরসেরা ডিভিশনে, ভিলারিয়াল সি’র কোচ হিসেবে নিজের কোচিং কেরিয়ার শুরু করেন। হংকং’র ক্লাব দল কিচি এসসি’র কোচ হিসেবে হোসে ফ্রান্সিসকো মোলিনা জিমেনেজে ঘরোয়া মরসুমে ট্রেবল জিতে দলকে AFC কাপের কোয়ার্টার ফাইনালে নিয়ে যান।

৩ মে ২০১৬, মোলিনা ইন্ডিয়ান সুপার লিগে’ (ISL) ATK দলের হেডকোচ হিসেবে কাজ শুরু করে নিজের দেশের ক্লাব দল কোচ আন্তোনিও লোপেজ হাবাসের জায়গাতে। পরের বছরের ১৪ নভেম্বর, তিনি ক্লোসুরা টুর্নামেন্টের আগে অ্যাসেনসো এমএক্স ক্লাব আতলেতিকো সান লুইসে নিযুক্ত হন। ১৮ ফেব্রুয়ারী ২০১৮ তারিখে তিনি সমস্ত প্রতিযোগিতার মোট ১১ ম্যাচে মাত্র দুটি জয়ের পারফরম্যান্সের নিরিখে দায়িত্ব থেকে মোলিনাকে ছেঁটে ফেলে তার দল লিগে শেষ পজিশনে থমকে গিয়ে।